2016年5月19日 @ 中国海洋大学

自动化报告

CV大法

为什么加班/熬夜

  • 数据错了一行
  • 想换个参数值
  • 等等

解决方案

  • 报告 = 代码 + 文字

  • 即：计算语言 + 自然语言

    老板叫我建一个回归模型。

```{r}
fit <- lm(dist ~ speed, data = cars)
b   <- coef(fit)
plot(fit)
```

呐，这个模型的回归系数是`r b[1]`。

  • 示例

自动化！自动化！自动化！

写文档！写文档！写文档！

knitr

  • R包一枚 （install.packages('knitr')）
  • 文档类型
    • .Rnw (R + LaTeX)
    • .Rmd (R + Markdown)
    • 任意计算语言 + 任意自然语言
  • 编辑器
    • RStudio, LyX, …

资料

用法

if (!require("knitr")) install.packages("knitr")
library(knitr)
knit("your-document.Rmd")  # 编织文档

部分功能

  • 控制文本输出
  • 图片
  • 缓存
  • 其它语言

R Markdown

  • 同一份文档，多种输出格式
  • 背后是rmarkdown包

扩展

  • tufte
  • rticles
  • bookdown

目标

你苦兮兮看了无数论文，学了无数方法，收集了数据，跑了代码，做了分析，自动化报告只是希望你的临门一脚变得更简单。

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